Срок вступления в силу измененных правил планируется на конец 2019 года. В процессе анализа проекта вскрылся ряд проблем, касающихся уполномоченных органов власти субъектов РФ м Федеральной службы по надзору в сфере природопользования.
Правила не позволяли их применения органами Росприроднадзора. Отсутствовала возможность привлечь к расчету вреда подведомственные учреждения Федеральной службы по надзору в сфере природопользования.
Необходимо четко разграничить полномочия по расчету вреда между уполномоченными органами исполнительной власти субъектов России и Росприроднадзором. Также выяснилось, что Правилами не определяется порядок расчета вреда, следствием которого явилась утрата полезных ископаемых в определенных случаях. Например, если запасы полезных ископаемых не стоят на государственном балансе. Также требует уточнения порядок расчета вреда для подземных вод, которые не облагаются налогом на добычу полезных ископаемых в соответствии с Налоговым кодексом РФ.